Sync Framework не выполняет синхронизацию схемы, если это то, что вам нужно. просто синхронизация данных.
так что если у вас есть таблица с 2 столбцами на двух репликах, и вы добавляете еще один столбец на одну реплику, это изменение схемы не будет отражено на второй реплике.
это может даже нарушить вашу синхронизацию.