У меня была та же проблема, и запуск ее с --use-pythonrc устранил ее.
python manage.py shell_plus --use-pythonrc
Если это исправит для вас, вы можете создать псевдоним оболочки, чтобы сократить команду.Что-то вроде:
alias sp="python manage.py shell_plus --use-pythonrc"
После этого вы можете просто набрать sp из каталога с manage.py в нем.Лично я поставил абсолютный путь к manage.py, чтобы я мог печатать sp из любого места.
Поместите эту команду псевдонима в вас .bash_profile, и она будет доступна при каждом входе в систему.