Вы просто не можете сделать это. MERGE
работает только с двумя таблицами - исходной и целевой.
Для вашего требования вам нужно, например, используйте CTE (Common Table Expression), чтобы найти строки, которые не совпадают, - и вставьте их в третью таблицу.
Что-то вроде:
;WITH NonMatchedData AS
(
-- adapt this as needed - just determine which rows match your criteria,
-- and make sure to return all the columns necessary for the subsequent INSERT
SELECT (columns)
FROM dbo.SourceTable
WHERE ID NOT IN (SELECT DISTINCT ID FROM dbo.TargetTable)
)
INSERT INTO dbo.ThirdTable(Col1, Col2, ....., ColN)
SELECT Col1, Col2, ....., ColN
FROM NonMatchedData