У вас есть более одного манифеста приложения, связанного с приложением.Может быть только один, и поэтому некоторые должны быть отброшены.Современные версии Delphi связывают манифест по умолчанию на основе опции проекта «Темы выполнения».Возможно, у вас есть другой связанный манифест, возможно, датированный тем, когда вы разрабатывали проект в более ранней версии Delphi.Вы случайно используете компонент TXPManifest ?
Вы можете удалить манифест, который вы явно связываете.Или вы можете отключить настройку тем выполнения и сохранить явный манифест.Этот последний способ, которым вы контролируете манифест.Лично я так поступаю, потому что мне нужно точно контролировать то, что происходит в манифесте.