Способ сделать это - по сути, пройтись по каждому продукту;
установить массив идентификаторов категорий, $ ids, затем использовать метод setCategoryIds ($ ids) в Mage_Catalog_Model_Product, чтобы установить идентификатор категории дляproduct.
Дайте мне знать, если вам нужен реальный код для этого или вы ищете другой способ.
Удачи.