Перед запуском tomcat выполните эту команду на оболочке
export CATALINA_OPTS="-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=8000,server=y,suspend=n"
После этого вы можете запустить tomcat, используя свой скрипт запуска
/etc/init.d/tomcat6 start
В eclipse, заданном в конфигурации удаленной отладки, правильный хости порт 8000. Проверьте, доступен ли порт снаружи и не заблокирован ли он брандмауэром.