Вы можете легко сделать последний уровень другим цветом (или формой), добавив еще один фактор в ваш фрейм данных, который имеет два уровня: тот, который вы хотите, и все остальное. Например:
dat <- data.frame(item=rep(letters[1:3],times=3),outcome=runif(9))
dat$grp <- rep(c("grp1","grp1","grp2"),times=3)
ggplot(dat, aes(item, outcome))+
stat_summary(fun.y=mean,aes(colour=grp), geom="point",size=3)
Затем вы устанавливаете эстетику цвета в aes
, а не глобально. Если у вас есть эта дополнительная переменная, вы также можете использовать ее (редактировать, чтобы отразить комментарий @Ben Bolker):
ggplot(dat, aes(item, outcome)) +
stat_summary(fun.y=mean, geom="point",size=3) +
facet_grid(.~grp,scale="free_x",space="free")