Ну, так как вы используете JavaScript для всплывающего окна, вы можете сделать это ...
Вы пометили jQuery, так что начнем ... Поместите это во всплывающее окно.
$(document).ready(function() {
var popupHeight = parseInt($('#elementThatWillGetTaller').css('height')); // parseInt if we get a '200px'
// code to set window height - I know it can be done because I've seen osCommerce do it
});