Используя java.util.Connection и правильный SQL, вы можете создать соответствующий java.sql.PreparedStatement (я не использую SQL Server, поэтому вам лучше будет написать SQL самостоятельно).
Вы можете создать java.sql.Blob, используя байтовые данные, прочитанные из вашего файла xls.
Вызовите .setBlob (Blob) на ваше PreparedStatement и затем выполните его.
Я не написал код для вас, но это должно быть основами.