Старый вопрос, но я столкнулся с той же проблемой. Решение заключается в использовании полного имени класса, включая пакет, при создании класса.
ClassPool pool = ClassPool.getDefault();
String packageName = "yourpackage.";
String className = "NameOfTheClass";
CtClass dynamicClass = pool.makeClass(package+className);
Таким образом, вы сможете получить доступ к защищенным полям классов из данного пакета.