Вы установили свои заголовки, чтобы ваш браузер знал, как отображать QR-код в виде изображения?
header("Content-type: image/png");
Если вы устанавливаете свой заголовок (или phpqrcode делает это для вас, я не могу вспомнить), но вы не получаете изображение, посмотрите, получаете ли вы какие-либо ошибки или предупреждения php, которыенепреднамеренное отображение в выходном потоке, что вызовет проблемы при рендеринге вашего изображения.То же самое для любых других символов, которые вы можете случайно вывести.