Вы можете создать контент-процессор, который сделает это за вас. Вот пример простого текстурного процессора. Это для предварительно умноженной альфы (что уже делает XNA 4.0, но она была полезна в 3.1).
Вы можете легко изменить его, чтобы прочитать в первом пикселе и очистить все пиксели с соответствующими значениями. Как то так:
Color m = bitmap.GetPixel(0, 0);
for (int y = 0; y < bitmap.Height; y++)
{
for (int x = 0; x < bitmap.Width; x++)
{
if (m == bitmap.GetPixel(x, y))
bitmap.SetPixel(x, y, Color.Transparent);
}
}
Поместите это в новый проект библиотеки Windows, добавьте его в качестве ссылки на ваш контент-проект, создайте его один раз, и вы сможете выбрать его из опций процессора на панели свойств (F4) для ваших текстур.
Конечно, если все ваши спрайты имеют одинаковый цвет фона, ответ jv42 будет проще.