Меня немного смущает то, что вы пытаетесь сделать, если бы вы могли объяснить, почему вы хотите это сделать, это, вероятно, поможет прояснить ситуацию, но позвольте мне понять, понимаю ли я вас.
У вас есть дерево каталогов, и вы хотите, чтобы некоторые файлы находились под контролем исходного кода, а не другие?
В этом случае вам следует использовать .gitignore, чтобы игнорировать файлы, которые вы не хотите добавлять в систему контроля версий.Таким образом, я бы выполнил следующие шаги:
1 - Создайте репо в корне:
cd www
git init
2 - Настройте .gitignore с правильными правилами для игнорированияфайлы, которые я не хочу контролировать из исходного кода
3 - Добавить все остальное (включая .gitignore) в мой репозиторий
git add -A .
git ci
4 - Прибыль ???