Два решения были предложены на
https://bugs.eclipse.org/bugs/show_bug.cgi?id=343688#c10
1: отключить «Синхронизировать автоматически» в меню просмотра списка задач.
2: закрыть представление списка задач, чтобы оно не отображалось при запуске, и в разделе «Предпочтения»> «Общие»> «Запуск и завершение работы» отключить пользовательский интерфейс Mylyn Team и пользовательский интерфейс Mylyn Tasks
Первое решение было объявлено работающим.