Нет, php обычно устанавливает cookie для текущего домена, например: wwww.domain.com.
Чтобы все было согласованно, вы должны либо перенаправить все запросы в один и тот же домен, либо явно установить cookie для всех поддоменов.
РЕДАКТИРОВАТЬ: на самом деле, это верно для Firefox. Я думаю, что PHP на самом деле не установит домен, поэтому браузер может свободно использовать все, что захочет. Internet Explorer, я думаю, установит его для любого субдомена