Если вы хотите скрыть функцию mex даже больше, чем в решении Jonas, вы можете поместить ее в папку вне пути, а затем попросить ваш m-файл добавить местоположение в путь перед вызовом функции mex иудалите его потом.
Нигде не так элегантно, как использование личной папки, и это добавит вычислительные издержки, но обеспечит то, что никакая другая функция не сможет вызвать функцию mex.