Вам нужно обернуть имя внешнего ключа в круглые скобки . Также ваш автоматический столбец должен быть ключом . Смотри ниже
CREATE TABLE `mgr_user`
(
`id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`customer_id` INT NOT NULL,
`username` VARCHAR(25),
`password` VARCHAR(100),
INDEX(`customer_id`),
UNIQUE KEY (`id`), -- <- Auto column is should be a key
FOREIGN KEY (`customer_id`) REFERENCES `customer`(`id`) ON UPDATE CASCADE ON DELETE RESTRICT
);
После этих 2 изменений я получил Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)