Полагаю, вы имеете в виду способ работы Zend_Application. Там нет ничего плохого в том, как вы упомянули выше. Тем не менее, вы можете указать, какие плагины загружать в вашем application.ini, например так:
resources.frontController.plugins.foo = "My_Plugin_Foo"
resources.frontController.plugins.bar = "My_Plugin_Bar"
Единственный недостаток, который мне известен при таком подходе, заключается в том, что вы не можете контролировать приоритет (расположение в стеке плагинов) плагина ... но для большинства (почти во всех случаях) это не должно иметь значения.