Одним из возможных решений является фильтрация ошибок;нажмите на стрелку вниз справа и настройте содержимое.Затем выберите выберите область в правой части диалогового окна.Я часто нахожу полезным ограничить область действия выбранным элементом и дочерними элементами, но в вашем случае было бы полезно установить его более явно.
Другое возможное решение состоит в том, чтобы все, что требует обработки, находилось вотдельный проект (а не в исходной папке), который производит вывод, от которого вы можете зависеть (например, файл JAR).