У меня была похожая проблема, когда я добавлял файлы прямо в путь проекта из файлового менеджера, а NetBeans не отображал их в дереве проекта.
Я нашел хорошее решение для своих нужд, используя git.Так как это хорошая практика - использовать репозиторий для отслеживания изменений кода, и я буду делать это независимо.В любом случае, мое решение этой проблемы:
Проверьте "Diff to HEAD" в главной папке проекта из интерфейса NetBeans, и новые файлы теперь найдены ... Пока вы там дважды проверяете свои изменения и фиксируете,