Запустите Glassfish независимо от Eclipse и разверните на нем свое приложение / ухо, как обычно. Тогда вы можете проверить журналы Glassfish и посмотреть, что не так.
В случае, если Eclipse не может создать .ear или .war, тогда возникает еще одна проблема (пока), а не с использованием Glassfish. Вы используете maven или муравья для вашей сборки? Возможно, скрипт сборки делает что-то, что заставляет его ждать ... возможно, он пытается загрузить jar-файл откуда-то, но не получает ответа, поэтому он ждет?