Попробуйте сделать то же самое вручную, т.е. из терминала. Сначала проверьте, какую версию rails вы используете, затем попробуйте снова связать с терминала.
Я полагаю, что ваша среда, выбранная в netbeans, не распознает последний камень рельсов, но использует другую. Проверьте с помощью rails -v, чтобы увидеть, какую версию rails вы используете. Если в терминале все в порядке, убедитесь, что вы используете netbeans с одним и тем же пользователем (например, sudo или вашим пользователем в зависимости от имеющейся у вас конфигурации rvm).
У меня была эта проблема несколько раз с разными IDE, и каждый раз это происходило из-за того, что я не использовал подходящего пользователя или не использовал надлежащий набор гемов в RVM (это так легко забыть!)
После этого будет легко решить, выбрав правильную среду в конфигурации вашего проекта в netbeans или rubymine.