Помимо великолепной библиотеки Protostuff, которая уже упоминалась, возможно, вы могли бы также попробовать попробовать JSON вместо этого - если только вы абсолютно не должны использовать protobuf по причинам совместимости.
Обработка JSON на Java не только очень удобна (на основе аннотаций, автоопределение), но и конкурентоспособна по производительности (см., Например, jvm-сериализаторы результаты).