Я столкнулся с этой же проблемой, но при попытке использовать удаленный API из пользовательского сценария, а не в массовом загрузчике appcfg.py.
Эта проблема могла быть решена в более поздних выпусках GAE SDK,но по разным причинам я все еще использую более старую версию 1.7.Я нашел ответ в этом отчете об ошибке: https://code.google.com/p/googleappengine/issues/detail?id=4374
Обычно при вызове ConfigureRemoteApi не указывайте аргумент APP_ID (просто передайте None) и указывайте идентификатор своего приложения через аргумент host, например, 'myapp-hrd.appspot.com.ConfigureRemoteApi правильно определит идентификатор вашего приложения и не добавит «~», который вызывает эту проблему.