Чтобы ответить на ваш вопрос, вам просто нужно убедиться, что пользователь Apache (обычно с именем apache или nobody ) имеет разрешение на запись в каталоги. Например, chgrp -R apache /var/www/userdir && chmod -R 0775 /var/www/userdir
Однако, если этот сервер общедоступен, это очень плохая идея. Вместо этого вам нужно посмотреть что-то вроде suPHP , которое позволяет Apache работать от имени пользователя и позволяет перезаписывать загруженные пользователем файлы.