Как я писал в другом месте, команда BATCH иногда действует немного странно, поэтому я просто использую команду --file напрямую:
R --slave --vanilla --file=myScript.R --args foo=2 bar=3 "s=string with spaces" > output.txt
... а затем в myScript.R
я использую args <- commandArgs(TRUE)
чтобы получить дополнительные аргументы foo
и т.д ...