Общепринятым мнением является то, что вам вообще не следует создавать продукты для сборки. У вас версия исходного кода не dll. Те, которые вы загружаете во время сборки из вашей системы CI.
Тем не менее, если это все библиотеки DLL, вы можете установить собственное слияние для них:
[merge-patterns]
**.dll = internal:remote
Это всегда использует "другую" версию, когда есть конфликт с файлами .dll. Подробнее здесь .