4000 баз данных для одной системы ?! Wowzer, ты изобрел Google?
Я бы определенно сказал, что вам нужно перепроектировать эту настройку - если ваша «система» на самом деле не является хостингом базы данных, и каждый пользователь, конечно, не заплатил за частную базу данных.
Нет ничего плохого в наличии нескольких дискретных баз данных, но 2-х пользователей - неправильный подход.
«Правильный» подход будет полностью зависеть от того, для чего предназначена ваша система.
Вы упоминаете, что у каждого тоже есть выделенный сервер - это должно предотвратить проблемы конкуренции для других пользователей. Вы уверены, что это не общий хостинг?