Я бы не стал помещать планировщик в приложение, размещенное на IIS, поскольку оно в конечном итоге будет перезапущено.
Это приведет к остановке планировщика до тех пор, пока процесс IIS не будет воссоздан, когда на сайт будут попадать запросы.Это может звучать нормально для веб-сайтов с высокой активностью, но помните, что IIS может решить перезапустить ваш планировщик в неожиданное время (например, во время выполнения задачи).Вы должны переместить часть планировщика в службу Windows.
Edit: http://hangfire.io/ кажется хорошим способом запуска запланированных задач в ASP.Net
Edit2: Я на самом делеиспользуя HangFire в проекте.Это очень простой в использовании и мощный.