Я позволил Unity управлять временем жизни моего контекста LinqToSql и приложения MVC, и у меня никогда не было проблем.
В общем, я не понимаю, почему у контейнера IoC возникли проблемы с управлением временем жизни его объектов.Если это делает StructureMap (как упомянуто в потоке, на который вы ссылаетесь), то, вероятно, вам не следует этого делать.:)
Полагаю, вы можете либо использовать другую платформу, либо позволить Репозитарию создавать свой контекст.