Может быть, если вы сделали что-то вроде:
Configure::write('IncludeFileRef', 'my_include.php');
А затем ссылка на файл:
$file = Configure::read('IncludeFileRef');
include_once($file);
Я думаю, что это сработает.
UPDATE:
Или, если вам нужно сослаться на массив:
Configure::write('array_ref', 'my_array');
А затем для ссылки на массив:
$array = ${Configure::read('array_ref')};