Официальная документация для работы с файлами в phonegap может быть довольно сложной для начала.
Вот рабочий пример перечисления файлов в папке, отличной от корневого (в данном случае это называется Загрузки).
window.requestFileSystem(LocalFileSystem.PERSISTENT, 0, function(fileSystem) {
fileSystem.root.getDirectory("Downloads", {
create: true
}, function(directory) {
var directoryReader = directory.createReader();
directoryReader.readEntries(function(entries) {
var i;
for (i=0; i<entries.length; i++) {
log(entries[i].name);
}
}, function (error) {
alert(error.code);
});
} );
}, function(error) {
alert("can't even get the file system: " + error.code);
});
Обратите внимание, что это даст вам каталог в области записи (Документы на iOS, SDCard на Android, поэтому может не сильно помочь).