Я предполагаю, что вы используете компонент mx: HTML для отображения некоторого HTML.У меня та же проблема в моем проекте, объекты IFrame всегда отображаются поверх всего.
Эффективный обходной путь - нарисовать скрытый компонент HTML и отобразить вместо него растровый снимок.Таким образом, Alert или любое всплывающее окно будет отображаться поверх него.
Вот как я это сделал
private var _snapshotImage:Bitmap;
private function toggleSnapshotMode(htmlVisible:Boolean):void
{
if(!htmlVisible)
{
var bitmapData:BitmapData = new BitmapData(htmlLoader.width,htmlLoader.height,false);
bitmapData.draw(htmlLoader,null,null,null,null,true);
_snapshotImage = new Bitmap(bitmapData);
_snapshotImage.x = htmlLoader.x;
_snapshotImage.y = htmlLoader.y;
html.addChildAt(_snapshotImage,0);
}
else
{
html.removeChild(_snapshotImage);
}
html.htmlLoader.visible = htmlVisible;
}