В итоге я использовал запрос Criteria с ограничением SQL. Это было что-то вроде
Session.CreateCriteria<EntityName>()
.Add(Restrictions.Sql(
"Replace('ColumnToSearch','PatternToFind', 'ReplaceWithValue')"))
Ограничение Sql позволяет вам запускать точно такой же оператор SQL, как вы его даете.