Присвойте ему уникальный псевдоним:
SELECT table1.name, table2.wage, table2.bonus t3a.shift, t3b.endtime, table4.vacation
FROM table1
INNER JOIN table2 ON table1.userid = table2.userid
INNER JOIN table3 t3a ON table2.userid = t3a.userid
INNER JOIN table3 t3b ON table2.endtime = t3b.endtime
INNER JOIN table4 ON table4.userid = table4.userid
LEFT JOIN table5 ON table1.name = table5.position;
На самом деле, это делает код более аккуратным, чтобы дать каждой таблице псевдоним:
SELECT
t1.name,
t2.wage,
t2.bonus,
t3a.shift,
t3b.endtime,
t4.vacation
FROM table1 t1
INNER JOIN table2 t2 ON t1.userid = t2.userid
INNER JOIN table3 t3a ON t2.userid = t3a.userid
INNER JOIN table3 t3b ON t2.endtime = t3b.endtime
INNER JOIN table4 t4 ON t4.userid = t1.userid
LEFT JOIN table5 t5 ON t1.name = t5.position;
Похожеу вас есть ошибка в вашем объединении для table4 и пропущенная запятая в select - я исправил ее в этой последней версии.