У меня также была проблема с комментариями в стиле SQL в скриптах встроенной базы данных Spring. Но это выглядело так, как будто это было потому, что начало каждого оператора до конца каждого оператора обрабатывалось как одна строка, поэтому любая - в операторе приводила к тому, что остальная часть этого оператора, а не просто остальная часть строки, была закомментирован. Поэтому я пытался переключиться на / * ... * / стиль комментариев, и теперь жизнь намного лучше.