Это очень странно. Именованные запросы, как правило, должны выполняться быстрее, поскольку они анализируются один раз.
Что такое конкретный запрос и его SQL? Вы сравниваете его с тем же запросом Expression или с чем-то другим, что является его SQL?
Попробуйте включить EclipseLink PerformanceProfiler для запросов или попробуйте использовать профилировщик Java, например JProfiler.