Когда вы bundle update или запускаете любую из эквивалентных команд консоли, я полагаю, что Bundler обновляет ваш файл Gemfile.lock, в котором хранится дерево всех ваших зависимостей от gem, и файл блокировки отслеживается вашим репозиторием git ( см. здесь для получения дополнительной информации ).
Если бы вы смогли запустить команду непосредственно на Heroku, вам пришлось бы снова тянуть свой репозиторий, иначе у вас возникла бы проблема с перемоткой вперед в git.
Так что, на самом деле, вы больше не запускаете команды, поскольку вынуждены выполнять их локально и возвращать их обратно.