Вы можете установить его, изменив app.version
в application.properties (в базовой директории проекта).
Я не совсем понимаю, что вы подразумеваете под "при развертывании", но вы можете программно изменить версию во время сборки (отредактировав файл), если вы об этом спрашиваете.
Как только приложение будет упаковано в войну и развернуто, изменение версии будет сложнее. Вы можете переименовать войну (не включая версию), если это то, что вас беспокоит.