Просто создайте разные соединения с базой данных и сохраните их в объекте.
var dbConnections = {};
var dbConnections.authDb = new Db('adminDb', server, {});
dbConnections.authDb.authenticate(username, password);
var dbConnections.otherDb = new Db('otherDb', server, {});
Имеет ли это смысл?