Стратегия, используемая во многих отладчиках (я не знаю об Eclipse), заключается в установке патча в коде в точке точки останова, которая по сути является вызовом подпрограммы или системным вызовом. Код, к которому осуществляется переход, содержит информацию о точке останова и выполняет любую печать или прием пользовательских команд, а также код, который был перезаписан патчем, чтобы можно было выполнить код, чтобы выполнение соответствовало исходному коду, без точки останова