Если в ваших массивах нет повторяющихся строк, можно получить простой ответ, используя ISMEMBER :
[tf1,idx1] = ismember(data,data_1,'rows'); %# find where the rows of data_1 are in data
[tf2,idx2] = ismember(data,data_2,'rows'); %# find where the rows of data_2 are in data
n = size(data,1);
k1 = size(dataIndicator1,2);
k2 = size(dataIndicator2,2);
binaryMatrix = false(n,k1+k2);
binaryMatrix(tf1,1:k1) = dataIndicator1(idx1(tf1),:);
binaryMatrix(tf2,k1+1:k2) = dataIndicator1(idx2(tf2),:);