Каждый экземпляр скрипта PHP (точнее, каждый экземпляр PDO) открывает соединение с базой данных (с точки зрения БД, новый сеанс). Бэкэнд-базы данных (за исключением нескольких простых файловых файлов) поддерживают несколько соединений, но в итоге блокируют свои отдельные ресурсы по-разному. В зависимости от запросов, выполненных в вашей транзакции, вы можете оказаться в тупике. Тем не менее, наличие нескольких подключений к базе данных, открытых одновременно, не обязательно ставит вас в тупиковый сценарий.