Вы можете использовать JAXBSource
Скажем, вы хотите глубоко скопировать sourceObject типа Foo.
Создайте 2 JAXBContexts для того же Типа:
JAXBContext sourceJAXBContext = JAXBContext.newInstance("Foo.class");
JAXBContext targetJAXBContext = JAXBContext.newInstance("Foo.class");
и затем сделайте:
targetJAXBContext.createUnmarshaller().unmarshal(
new JAXBSource(sourceJAXBContext,sourceObject);