Как вы узнали, часто человек не обнаруживает всех проблем и ловушек среды разработки, таких как GAE, до тех пор, пока не использует ее некоторое время. Скорее всего, это верно для любой среды.
Перед тем как перейти в альтернативную среду (Django + rdbms), насколько вы знакомы с этой платформой? Если вы новичок в этом, вы можете просто столкнуться с другими проблемами.
Если, с другой стороны, вы хорошо знакомы с Django + rdbms, то это уже другая история. Конечно, возникает вопрос: а знакомы ли вы с ними, почему вы выбрали GAE? Вы, должно быть, чувствовали, что это дало некоторые преимущества, которые вы откажетесь от отказа от GAE.
Возможно, вам нужно составить список плюсов и минусов для каждой платформы, а затем попытаться сбалансировать списки, чтобы принять решение. В конечном счете, нет никаких волшебных пуль, и у вас, несомненно, будут некоторые проблемы, независимо от того, как вы идете.