Системное свойство имеет область действия JVM. Таким образом, свойство будет изменено (и доступно) во всей JVM tomcat, для всех веб-приложений и для самого Tomcat.
Обратите внимание, что системное свойство хранится в памяти и, следовательно, не будет сохраняться, если вы остановите и перезапустите Tomcat.