AFAIK, это невозможно. True - это (повторное использование пула приложений) можно контролировать с помощью файла конфигурации, но не на уровне приложения, а только на уровне сервера, используя ApplicationHost.config - см. Документацию .
Управление на уровне приложений не имеет смысла, поскольку один пул приложений может поддерживать несколько веб-приложений (и, следовательно, может возникнуть конфликт конфигурации).