Есть несколько способов снять шкуру с этой кошки:
SELECT table1.ID
FROM table1
WHERE table1.ID NOT IN(SELECT table2.ID FROM table2)
Или вы можете использовать левое внешнее соединение:
SELECT table1.ID
FROM table1
LEFT OUTER JOIN table2 ON table1.ID = table2.ID
WHERE table2.ID IS NULL