Если у вас возникают проблемы с потерянными ярлыками во время процесса удаления любого из трех установщиков, возможно, вы используете один и тот же GUID для компонента ярлыка или других.
Это заставит установщик запретить удаление компонента, потому что он используется для другого клиента (приложение установлено), если вы посмотрите журналы, вы увидите это сообщение:
Запрещение удаления компонента: {GUID_ID}
Следуя инструкциям Руководства Wix в предыдущем ответе, у вас не должно возникнуть проблем при создании ярлыков, которые вы хотите, и поведения, которое вы хотите.