Как сказал @Rafe, фактическое хранилище довольно просто, это будет что-то вроде:
| id | name | parent |
| 1 | comment1 | 0 |
| 2 | comment2 | 1 |
| 3 | comment3 | 2 |
| 4 | comment4 | 1 |
| 5 | comment5 | 4 |
| 6 | comment6 | 4 |
| 7 | comment7 | 6 |
| 8 | comment8 | 7 |
| 9 | comment9 | 0 |
Конечно, на самом деле получение информации из этого (возможно) трудная часть. Конечно, вы можете получить для детей комментарий с чем-то вроде: SELECT * FROM table WHERE parent='4'
даст вам всех детей комментария4. Но подсчитать детей, перечислить всех детей в иерархическом порядке было бы немного сложнее. Другие ответы могут предоставить дополнительную информацию по этому вопросу.